Anualmente, alguns alunos, concluintes de cursos de graduação da Unisul, passam pela prova do Enade, o Exame Nacional do Desempenho dos Estudantes. A nota final serve de base para o Ministério da Educação quanto à qualidade dos cursos participantes da prova. Na UnisulVirtual, desde o início das avaliações, nenhum curso obteve nota inferior a 3, de um máximo de 5. Os últimos cursos da UnisulVirtual a conhecerem as suas notas no Enade foram Matemática e Filosofia. O conceito 4, obtido em 2011, os coloca entre os melhores da Unisul.

A UnisulVirtual é a única universidade a distância do Brasil que possui sete graduações com conceito 4 no Enade: Administração (2009), Marketing (2009), Gestão Financeira (2009), Ciências Contábeis (2009), Turismo (2009), Filosofia (2011) e Matemática (2011). O curso de Gestão de Micro e Pequenas Empresas, hoje denominado Processos Gerenciais, obteve avaliação 5, mesma nota da graduação em Gestão Estratégica das Organizações, agora chamado Gestão Financeira.

“As notas são resultado de mais de uma década de trabalho e de vanguarda no trato com educação a distância. A seriedade e serenidade com que o trabalho é desempenhado, principalmente por coordenadores e professores, fazem com que os alunos tenham esse ótimo desempenho”, afirma o diretor da UnisulVirtual, professor Fabiano Ceretta.

Outra forma de avaliar os cursos, assim como a estrutura e o corpo docente das graduações, é através das visitas das Comissões de Reconhecimento e Renovação de Reconhecimento de cursos, nomeadas pelo Conselho Estadual de Educação. As comissões utilizam o instrumento de avaliação de curso do INEP e são formadas por avaliadores capacitados e credenciados. As notas obtidas através do Conselho Estadual servem para o reconhecimento dos cursos. Dos 23 cursos avaliados, 16 obtiveram notas superiores a 4, de uma máxima de 5. 

Já a Associação Brasileira de Estudantes de EaD, ABE EaD, em pesquisa que avaliou mais de 50 instituições de todo o Brasil, colocou a UnisulVirtual como quarta melhor universidade a distância do país.