O Hospital Municipal de Cuiabá (HMC), inaugurado há um ano, ainda não tem nenhuma habilitação junto ao Ministério da Saúde. Segundo a coligação Cuiabá Para Pessoas, a gestão Emanuel Pinheiro não conseguiu cumprir as adequações e os critérios exigidos pelo Ministério como, por exemplo, falta de parque de serviço de apoio a diagnóstico, falta de médicos 24 horas em determinadas especialidades, falta de pagamento de profissionais e fornecedores, fazendo com que o HMC fique sem receber recursos federais através de habilitações específicas. 

A má gestão na Saúde Pública Municipal e a inoperância do atual prefeito, em aderir aos critérios exigidos pelo Ministério da Saúde, sobrecarregam o sistema que acaba sendo obrigado a funcionar por termos de cooperação com os demais hospitais. 

O artifício usado por Emanuel Pinheiro para solucionar o problema e maquiar a realidade da Saúde Pública em Cuiabá é usar tanto a estrutura, quanto os recursos financeiros do antigo Pronto Socorro e dos Hospitais Filantrópicos. Isso vem sendo feito há um ano.

Considerado o maior hospital do Estado, entre os públicos e privados, o HMC, que custou próximo de R$ 200 milhões, tem hoje um custo mensal de aproximadamente R$ 11 milhões, sendo R$ 4,5 milhões de despesas com pessoal e R$ 6,5 milhões de custeio, incluindo medicamento e insumos. Valores custeados pela Prefeitura utilizando os recursos dos hospitais que são habilitados como: antigo Pronto Socorro, Hospital Geral, Hospital do Câncer, Santa Helena e antiga Santa Casa.